吳敬璉1984–1992年五次獲得中國經濟學的最高獎項孫冶方經濟科學獎。2000年和2005年香港浸會大學和香港大學分別授予他榮譽社會科學博士學位。2004年國際管理學會(International Academy of Management, IAM)授予他「傑出成就獎」。2005年獲「中國經濟學獎傑出貢獻獎」。2011 年國際經濟學會(International Economic Association, IEA)授予他「榮譽會長」稱號,以表彰他對於經濟理論和政策研究及中外學術交流的傑出貢獻。
吳敬璉倡導並努力推進市場化、法治化、民主化的改革,是「整體改革學派」的主要代表人物之一。他關於比較制度分析和經濟增長模式轉型的研究成果,對中國改革和經濟發展產生了重要影響。他的研究成果豐碩,著作等身,代表作《當代中國經濟改革》(Understanding and Interpreting Chinese Economic Reform)、《重啟改革議程》(Whither China?: Restarting the Reform Agenda)等被翻譯成多種語言在海外出版,成為了解中國經濟的參考書。